Flamur Aljiji wurde in Tetovo, Mazedonien, geboren und wuchs in Tearce auf. Seine Eltern sind albanischer Abstammung; der Vater stammt aus Tetovo, die Mutter aus Prizren. Er hat einen Bruder. Flamur Aljiji lebt seit 2003 in Deutschland.

2014 begann er sein Studium an der Filmschauspielschule Berlin (Akademie für Film und Theater). Während seines Studiums übernahm er einzelne Rollen als Schauspieler am Berliner Ballhaus-Theater. Weitere Engagements zeigten ihn als Nebendarsteller in Fernsehserien. Seine erste Fernsehrolle bekam er in der Serie Gute Zeiten, schlechte Zeiten. Daran schlossen sich Filmauftritte an. Unter Regie von Matthias Schweighöfer wurde Flamur Aljiji für den Kinospielfilm Der Nanny als Immobilienmakler besetzt. Dies war sein erster Kinofilm. Im Anschluss stand Flamur Aljiji für weitere Kinofilme als Darsteller vor der Kamera; unter anderem als Patient in Emma und die Wut von 2017, den Kinospielfilm Die Nacht des Dionysos von 2018, in dem er einen Fitnesstrainer spielt, und im Kinospielfilm Fikkefuchs.

2019 wird in Deutschland der in englischer Sprache produzierte Kriegsfilm Chocolate Man mit Flamur Aljiji in einer Hauptrolle im SWR Fernsehen und auf Festivals europaweit ausgestrahlt.